Le carbone contenu dans la biomasse est dit 'renouvelable', biogénique ou encore à cycle court. Il repart bien à l'atmosphère sous forme de CO2, après utilisation de la biomasse, mais comme il provient de la photosynthèse, il ne participe pas à l'accumulation des gaz à effet de serre dans cette dernière. Cependant, une proportion variable du CO2 fixé par la photosynthèse n'est pas transformé en énergie: une partie de la biomasse produite reste sur les parcelles agricoles (racines, résidus de récolte), dont une faible proportion sera stabilisée à terme dans l'humus, tandis que le reste est perdu au cours de la chaîne de transformation (CO2 dégagé lors de la fermentation des sucres en alcool, par exemple).

La fixation totale de CO2 par les cultures énergétiques dépend essentiellement des rendements des cultures, qui sont eux mêmes dépendants des régions, années climatiques, pratiques culturales, etc... d'où l'intérêt d'utiliser des références locales de rendements. Des statistiques sont disponibles sur le site de la FAO pour les données nationales, et sur le site AGRESTE du Ministère de l'agriculture pour les Départements Français). On peut en déduire le CO2 absorbé, sachant que les plantes contiennent environ 40% de carbone dans leurs tissus, et les arbres 45%.

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Le Tableau ci-dessus reprend quelques valeurs au niveau français (extrait de l'expertise 'stockage de carbone dans les sols' de l'INRA, en 2002). Ceci correspond à la partie récoltée - pour la fixation totale, il faut estimer un indice de récolte (fraction de la biomasse récoltée sur la biomasse aérienne totale), et une proportion biomasse aérienne / souterraine. Le Tableau ci-dessous reprend cette décomposition pour différents écosystèmes ('expertise 'stockage de carbone dans les sols' de l'INRA).

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A titre indicatif, les plantes de grandes cultures produisent (globalement) entre 10 et 20 tonnes de matière sèche par an, soit une fixation de 4 à 8 tonnes de C/ha/an (ou 14,5 à 29 tonnes éq. CO2/ha/an) Pour la forêt, la même expertise cite un chiffre de 8 t C/ha/an, dont 3 t sont exportées.